El mes de agosto de 1968, se crea la empresa mixta estatal privada con la razón social “TRANSMARITIMA S.A.”, teniendo como representantes, por Bolivia, al Comandante General de la Fuerza Naval Boliviana, Jefe del Estado Mayor Naval, Jefe del Departamento I Personal y Jefe del Departamento de Intereses Marítimos Fluviales y Lacustres y como inversionistas privados a los empresarios, Iván Lukac, Egilio Muller, Klaus Altman y Alfonso Fernández, esta empresa con tipología de empresa mixta fue creada para la realización de navegación marítima desde las costas del Pacífico a puertos de ultramar contratando embarcaciones como “GOLAKUST”, “ANGOLYS”, “GLOBAL TRADER”, “HERA”, “CAPITAN COSTAS PANOU”, dando inicio a las operaciones de navegación comercial con bandera boliviana, por la actividad naviera efectuada por la Empresa, el Estado promulgó la Resolución Suprema Nº 147764 del 23 de octubre de 1968, dándole el amparo legal.

En la gestión 1979, se crea a la Empresa Naviera Boliviana (ENABOL), mediante el Decreto Supremo N° 16174 del 9 de febrero de 1979, como entidad Autárquica de derecho público y personalidad jurídica propia, con el objeto de la explotación comercial del transporte marítimo, que actúa como instrumento de desarrollo económico del Estado, constituyéndose como reserva naval acorde a las necesidades de la defensa. A finales del año 1978, el Comandante de la Fuerza Naval Boliviana recibe la visita de 02 empresarios alemanes Wolf Gang Stahlke y Wolf Gang Apt, ambos de la prestigiosa empresa naviera “Hapag Lloyd”, con la finalidad de conformar una nueva sociedad mixta, que efectúe actividades de transporte marítimo similar TRANSMARÍTIMA S.A.; en este entendido, a consecuencia de la visita de los empresarios alemanes y las gestiones realizadas a las instancias pertinentes, el 2 de marzo de 1979, ENABOL suscribe un convenio de constitución de empresa de economía mixta con Hapag Lloyd AG., con la razón social “LINABOL S.A.M.”, la misma que fue reconocida a través del Decreto Supremo N° 16300 del 27 de marzo de 1979; bajo este precepto normativo LINABOL S.A.M., inició sus actividades en el transporte marítimo, con un buque denominó “MN BOLIVIA”, la misma que opero hasta mediados del año 1986, generando utilidades para la empresa y el Estado Boliviano. Posteriormente, los socios de la empresa, ante la imperiosa necesidad de contar con una embarcación propia, deciden comprar una embarcación con mayor capacidad, es de esta manera que la Empresa tiene su propio buque mercante denominándola “Bolivia II”, mismo que opero hasta mediados del año 1993.

La Ley N° 3328 de 18 de enero de 2006, se designa a la Empresa Naviera Boliviana (ENABOL), como una Empresa Pública Descentralizada, con personaría jurídica y autonomía de gestión, orgánicamente bajo la tuición del Ministerio de Defensa Nacional como la entidad promotora, planificadora, negociadora y ejecutora del Proyecto de la terminal Portuaria “Puerto Quijarro”, mediante el cual se autoriza a la Empresa Naviera Boliviana (ENABOL), conjuntamente con el Poder Ejecutivo, a realizar todo tipo de gestiones y emprendimientos ante entidades públicas, empresas privadas, nacionales y extranjeras, para que de acuerdo a la normativa vigente en el país, se logren obtener financiamientos que viabilicen la implementación y puesta en marcha de la Terminal Portuaria “Puerto Quijarro”.

Finalmente, en fecha 29 de abril de 2009, la Empresa Naviera Boliviana- ENABOL, adquiere el carácter de Empresa Pública Nacional Estratégica (EPNE), conforme al Decreto Supremo N° 098/2009, con el objetivo principal y rol estratégico de participación en toda la cadena del transporte naviero, así como de servicios portuarios, en el marco del desarrollo de los intereses marítimos, fluviales y lacustres y de la marina mercante, aplicando criterios de promoción del desarrollo social y económico del país, basado en la equidad y justicia social, primacía del interés nacional, eficacia y eficiencia económica y administrativa.